SCMOS相机具有EMCCD相同的噪声等级，使得EMCCD的低噪声优势几近丧失。SCMOS相机的高性能决定了其可以替代EMCCD的在绝大部分应用领域。
EMCCD的缺陷有下述几点：
EMCCD的放大机制有效地将读出噪声降至1e-以下，但同时也引入了另一个噪声源——乘性噪声。这将明显地增加信号的散粒噪声（RMS）,因数为1.41这将导致像元与像元之间以及帧幅与帧幅之间微光信号的变化性。
乘性噪声的净效应是获取的图像的信噪比降低，在一定程度上认为芯片的量子效率（QE）会从两个方面减少。例如,一个量子效率增强型背光EMCCD原本的QE是90%，当考虑到乘性噪声时，其QE减少到了45%。
EMCCD有限的动态范围也是要考虑的因素。对于大像元（13to16μm）的EMCCD可以描绘出一个很好动态范围，但仅是在读出速度较低的情况下。要获得更高的动态范围，必须要设定更低的读出速度（或减小像素）以及合适的EM增益。而使用高EM增益将耗尽动态范围。此外，为使得百万像素的EMCCD可以达到一定的帧速，就要进行多端口输出，这又增加了不菲的额外费用。
zui后，EMCCD的功率消耗很高，且需要深度热电制冷，无法满足有些微光成像实验的应用要求。

SCMOS相机相对EMCCD的优势有：
1）高分辨率5.5百万像素
2）真正的高动态范围，16bit
3）芯片不需要随时间进行线性校准
4）无需深度制冷来减少增益噪声
5）增加增益值时不会降低动态范围
无EMCCD普遍存在的芯片老化问题